Dos três passos, a amostragem é a mais complexa, mas também a mais importante. Recuperar uma amostra representativa do lote – uma amostra que representa as condições globais em todo o lote – é fundamental para obter uma medida precisa de contaminação por aflatoxina.
A. flavus,o molde que produz aflatoxina pode infetar um único grão de amendoim ou milho, tornando-o um grão “quente” importante para ser capturado em qualquer processo de amostragem. Uma vez que o processo de teste destrói a amostra, a pessoa que conduz o teste não quer extrair uma amostra muito grande (e sacrificar demasiada colheita), mas também não quer capturar um número desproporcionado de núcleos infetados. Isto pode fazer com que o lote maior pareça mais contaminado do que está e levar o proprietário a destruí-lo.
Os protocolos de amostragem ajudam a alcançar o resultado mais preciso dos grandes lotes para equilibrar os riscos para os consumidores e produtores que podem ter um produto rejeitado desnecessariamente.
Uma vez que a aflatoxina pode aparecer erraticamente em lotes, pequenas miniamostras devem ser colhidas aleatoriamente de todo o lote e combinadas para criar uma amostra que represente condições em todo o lote.