A preparação da amostra colhida para análise também é importante.
As amostras podem ter de ser descascadas ou moídas numa pasta ou em pó. A dimensão da partícula da moagem também é importante, com um tamanho mais fino resultando numa melhor representação dentro da amostra analítica.
Se a amostra completa não puder ser processada, é importante tomar uma sub-amostra tão grande quanto possível para fornecer a medida mais precisa da concentração da aflatoxina.
