Para proteger a saúde humana, é importante manter os níveis de aflatoxina muito baixos no fornecimento de alimentos, encontrando e eliminando o stock contaminado. Isto requer que uma pessoa teste e detete a aflatoxina, assim como encontre a concentração real e até mesmo o tipo de aflatoxina.
Só porque o fungo Aspergillus é visível não garante a aflatoxina, mas é uma boa indicação de que a aflatoxina pode estar presente. Assim, remover os grãos de bolor pode ajudar a reduzir o nível de aflatoxina.
A luz UV pode ser usada para detetar a fluorescência verde/azul da aflatoxina, embora existam muitos compostos que mostram fluorescência semelhante, por isso este não é um método muito fiável. Também requer que a aflatoxina esteja na superfície e não consegue detetar a aflatoxina dentro de cápsulas ou núcleos.
Os métodos mais fiáveis de ensaio da aflatoxina envolvem alguma forma de extração química e método de ensaio. Embora mais precisos, estes métodos podem ser dispendiosos e requerer equipamentos e infraestruturas laboratoriais mais sofisticados. Geralmente, são necessários métodos muito precisos para satisfazer os requisitos regulamentares.