É necessária uma limpeza cuidadosa para evitar o contacto cruzado ao processar diferentes produtos, e é útil validar que a limpeza foi feita para remover qualquer alergénio. Os trabalhadores podem inspeccionar visualmente o equipamento para garantir que não há resíduos, película, ou brilho. Os testes químicos podem ser usados para testar resíduos, incluindo kits de teste de trifosfato de adenosina (ATP) específicos para amendoins.
Equipamento, ferramentas e superfícies devem ser cuidadosamente limpos antes do processamento do produto que não contenha os mesmos alergénios. Em alternativa, uma fábrica pode dedicar ferramentas, equipamento, ou linhas inteiras a processos específicos, o que reduz a necessidade de limpeza para alergénios. As etiquetas codificadas por cores nos equipamentos podem ser úteis.
É muito importante formar os funcionários para a limpeza e utilização de ferramentas separadas para a prevenção de alergénios.
