A melhor maneira de minimizar a infeção por fungos no armazenamento é colocando amendoins em sacos vedantes e colocando esses sacos num local fresco e seco. Os sacos devem ser armazenados em paletes fora do solo, com bom fluxo de ar, e protegidos de pragas como aves e ratos, que podem mastigar sacos abertos e permitir a invasão de insetos. Quando insetos como traças de refeição e gorgulhos de cereais se alimentam de amendoins armazenados, podem introduzir humidade que permite que A. flavus se espalhe mesmo para frutos secos que não são diretamente danificados pelos insetos.
Os sacos de sarapilheira podem ser suficientes para armazenar amendoins, se estiverem devidamente empilhados e tiverem uma boa ventilação num edifício seguro. Estudos têm demonstrado que os amendoins armazenados durante vários meses em sacos hermeticamente fechados, como sacos PICS, tinham menos aflatoxina do que os armazenados em sarapilheira, mas também tinham germinação mais baixa. O tipo de saco pode depender do comprimento de armazenamento e utilização das cápsulas.
