Existem seis tipos principais de aflatoxina com base nas suas estruturas químicas. Quatro delas são produzidas por espécies Aspergillus e foram designadas com base na cor da sua fluorescência quando expostas à luz UV:
- Aflatoxins G1 & G2 fluoresce amarelo-verde
- Aflatoxins B1 & B2 fluoresce azul
Todos os quatro tipos são produzidos por A.flavus e A. parasiticus,embora os fungos possam produzir diferentes concentrações da toxina em diferentes lugares e tempos. Por exemplo, uma noz infetada A. flavus pode ser muito alta em B1 mas baixa em G1, enquanto outra noz infetada pelo mesmo fungo pode ter mais G1 do que B1.
As aflatoxinas M1 & M2 são derivadas das aflatoxinas B1 e B2, e são encontradas no leite de animais lactantes que se alimentam de alimentos contaminados.
A aflatoxina B1 é a mais tóxica e é o tipo de maior preocupação.