De los tres pasos, el muestreo es el más complejo, pero también el más importante. La obtención de una muestra representativa del lote -una muestra que represente las condiciones generales de todo el lote- es clave para obtener una medición precisa de la contaminación por aflatoxinas.
A. flavus, el moho que produce la aflatoxina, puede infectar un solo grano de cacahuete o de maíz, por lo que es importante capturar ese grano “caliente” en cualquier proceso de muestreo. Dado que el proceso de prueba destruye la muestra, la persona que realiza la prueba no quiere extraer una muestra demasiado grande (y sacrificar demasiada cosecha), pero tampoco quiere capturar un número desproporcionado de granos infectados. Esto podría hacer que el lote más grande pareciera más contaminado de lo que está y llevar al propietario a destruirlo.
Los protocolos de muestreo ayudan a obtener el resultado más exacto de las pruebas realizadas en grandes lotes para equilibrar los riesgos tanto para los consumidores como para los productores, que pueden ver rechazado el producto innecesariamente.
Dado que la aflatoxina puede aparecer de forma errática en todo un lote, deben tomarse pequeñas minimuestras aleatoriamente de todo el lote y combinarse para crear una muestra que represente las condiciones de todo el lote.