Para proteger la salud humana, es importante mantener muy bajos los niveles de aflatoxinas en el suministro de alimentos encontrando y eliminando las existencias contaminadas. Para ello, es necesario realizar pruebas y detectar la aflatoxina, así como encontrar la concentración real e incluso el tipo de aflatoxina.
Que el hongo Aspergillus sea visible no garantiza que haya aflatoxina, pero es un buen indicio de que puede estar presente. Así pues, eliminar los granos mohosos puede ayudar a reducir el nivel de aflatoxinas.
La luz ultravioleta puede utilizarse para detectar la fluorescencia verde/azul de la aflatoxina, aunque hay muchos compuestos que muestran una fluorescencia similar, por lo que no es un método muy fiable. También requiere que la aflatoxina esté en la superficie y no puede detectar la aflatoxina en el interior de las vainas o los granos.
Los métodos más fiables de análisis de aflatoxinas implican algún tipo de extracción química y método de análisis. Aunque son más precisos, estos métodos pueden ser caros y requieren equipos e infraestructuras de laboratorio más sofisticados. Normalmente se requieren métodos muy precisos para cumplir los requisitos normativos.