También es importante preparar la muestra tomada para el análisis.
Puede ser necesario desgranar las muestras o molerlas hasta obtener una pasta o polvo. El tamaño de las partículas molidas también es importante, ya que un tamaño más fino permite una mejor representación en la muestra analítica.
Si no se puede procesar toda la muestra, es importante tomar una submuestra lo más grande posible para obtener la medida más precisa de la concentración de aflatoxinas.