L’aflatoxine est produite par plusieurs champignons ou moisissures présents dans le sol. Aspergillus flavus, souvent abrégé en A. flavus, produit des aflatoxines, bien que le champignon n’ait pas besoin de fabriquer la toxine pour survivre. On a constaté que la plupart des souches d’Aspergillus parasiticus et certaines souches d’Aspergillus nomius et d’Aspergillus niger produisent également de l’aflatoxine.
Ces champignons sont présents dans une grande partie du monde, notamment sous les tropiques. La production d’aflatoxine n’est pas nécessaire pour que le champignon se développe, se reproduise et infecte les cultures – c’est pourquoi l’aflatoxine est considérée comme un métabolite secondaire. Les scientifiques tentent de déterminer le rôle que joue l’aflatoxine dans le champignon, mais on pense que ces composés aident le champignon à survivre pendant les périodes de stress thermique et hydrique.
Cependant, la quantité d’aflatoxine produite par le champignon varie énormément. Les scientifiques continuent d’étudier pourquoi certaines souches d’A. flavus ne sont pas toxiques et pourquoi les mêmes souches produisent très peu de toxine une année et des quantités mortelles une autre année.