De ces trois étapes, l’échantillonnage est la plus complexe, mais aussi la plus importante. Le prélèvement d’un échantillon représentatif du lot – un échantillon qui représente les conditions générales dans l’ensemble du lot – est essentiel pour obtenir une mesure précise de la contamination par les aflatoxines.
A. flavus, la moisissure qui produit l’aflatoxine, peut infecter un seul grain d’arachide ou de maïs, ce qui fait que ce grain « chaud » est important à capturer dans tout processus d’échantillonnage. Comme le processus de test détruit l’échantillon, la personne qui effectue le test ne veut pas tirer un trop grand échantillon (et sacrifier une trop grande partie de la récolte), mais ne veut pas non plus capturer un nombre disproportionné de grains infectés. Cela pourrait faire paraître le grand terrain plus contaminé qu’il ne l’est et inciter le propriétaire à le détruire.
Les protocoles d’échantillonnage permettent d’obtenir le résultat d’essai le plus précis possible à partir de lots importants afin d’équilibrer les risques pour les consommateurs et les producteurs qui peuvent voir leur produit inutilement rejeté.
Comme l’aflatoxine peut apparaître de manière irrégulière dans un lot, de petits mini-échantillons doivent être prélevés au hasard dans tout le lot et combinés pour créer un échantillon qui représente les conditions dans tout le lot.