L’aflatoxine est inodore et sans goût. Si la moisissure qui produit la toxine est visible et peut affecter la récolte de manière visible (comme des noix ou des grains ratatinés), la toxine proprement dite est invisible. Même de faibles quantités peuvent causer de graves problèmes de santé chez l’homme et le bétail. La consommation de niveaux très élevés d’aflatoxine sur une courte période peut provoquer une intoxication aiguë (appelée toxicose), qui endommage le foie et les reins. L’insuffisance hépatique entraîne une jaunisse, qui se manifeste par un jaunissement des yeux.
Une exposition plus faible sur une période plus longue peut entraîner un cancer, le plus souvent un cancer du foie. L’aflatoxine est considérée comme un hépatocarcinogène majeur ou une cause de cancer du foie. On estime que la consommation d’aliments contaminés par des aflatoxines est à l’origine de près de 25 % des cas de cancer du foie dans le monde. En outre, l’aflatoxine peut aggraver les problèmes de santé dus à l’hépatite B et au VIH-SIDA.