La aflatoxina es inodora e insípida. Mientras que el moho que produce la toxina se puede ver y puede afectar a la cosecha de forma visible (como nueces o granos arrugados), la toxina en sí es invisible. Incluso pequeñas cantidades pueden causar graves problemas de salud en los seres humanos y en el ganado. El consumo de niveles muy elevados de aflatoxinas durante un breve periodo de tiempo puede provocar una intoxicación aguda (denominada toxicosis), que daña el hígado y los riñones. Las alteraciones hepáticas provocan ictericia, que aparece como coloración amarillenta de los ojos.
Una exposición menor durante un periodo de tiempo más largo puede provocar cáncer, con mayor frecuencia cáncer de hígado. La aflatoxina se considera un importante hepatocarcinógeno o causa de cáncer de hígado. Se calcula que el consumo de alimentos contaminados con aflatoxinas causa casi el 25% de los casos mundiales de cáncer de hígado. Además, la aflatoxina puede agravar los problemas de salud debidos a la hepatitis B y al VIH-SIDA.
