Existen seis tipos principales de aflatoxinas en función de su estructura química. Cuatro de ellos son producidos por especies de Aspergillus y se han designado en función del color de su fluorescencia cuando se exponen a la luz ultravioleta:
- Aflatoxinas G1 y G2 fluorescentes amarillo-verde
- Las aflatoxinas B1 y B2 presentan fluorescencia azul
Los cuatro tipos son producidos por A. flavusy A. parasiticus, aunque los hongos pueden producir diferentes concentraciones de la toxina en diferentes lugares y momentos. Por ejemplo, una nuez infectada por A. flavus puede tener un contenido muy alto de B1 pero bajo de G1, mientras que otra nuez infectada por el mismo hongo puede tener más G1 que B1.
Las aflatoxinas M1 y M2 derivan de las aflatoxinas B1 y B2, y se encuentran en la leche de los animales lactantes que se alimentan con piensos contaminados.
La aflatoxina B1 es la más tóxica y la más preocupante.