La mejor manera de reducir al mínimo las infecciones fúngicas durante el almacenamiento es colocar los cacahuetes en bolsas que puedan cerrarse herméticamente y colocarlas en un lugar fresco y seco. Los sacos deben almacenarse en palés alejados del suelo, con buena circulación de aire y protegidos de plagas como pájaros y ratas, que pueden masticar los sacos abiertos y permitir la entrada de insectos. Cuando insectos como la polilla de la harina y el gorgojo del grano se alimentan de cacahuetes almacenados, pueden introducir humedad que permita la propagación de A. flavus incluso a frutos secos que no hayan sido dañados directamente por los insectos.
Los sacos de arpillera pueden ser suficientes para almacenar cacahuetes, si se apilan adecuadamente y tienen buena ventilación en un edificio seguro. Los estudios han demostrado que los cacahuetes almacenados durante varios meses en bolsas herméticamente cerradas, como las bolsas PICS, tenían menos aflatoxinas que los almacenados en arpillera, pero también tenían una germinación más baja. El tipo de bolsa puede depender de la duración del almacenamiento y del uso de las vainas.
